สมเด็จพระพันปีหลวงมาร์กาเร็ตสิ้นพระชนม์ที่ปราสาทเม็ทเวน ในเพิร์ทเชอร์ วันที่ 18 ตุลาคม ค.ศ. 1541 เฮนรี เรย์ ตำแหน่งBerwick Pursuivant ได้รายงานว่า พระนางทรงเป็นอัมพาตในวันศุกร์และทรงสิ้นพระชนม์ในวันอังคารถัดมา เนื่องจากพระนางทรงเชื่อว่าพระนางจะทรงหายจากอาการประชวร พระนางจึงไม่ทรงทำพระราชพินัยกรรม พระนางทรงส่งจดหมายถึงพระเจ้าเจมส์ ซึ่งประทับอยู่ที่พระราชวังฟอล์กแลนด์ แต่พระองค์ก็เสด็จมาไม่ทันเวลา ขณะใกล้สิ้นพระชนม์พระนางประสงค์ให้บาทหลวงที่เข้ามาประกอบพิธีแสวงหาวิธีที่ทำให้พระมหากษัตริย์และเอิร์ลแห่งแองกัสปรองดองกันได้ พระนางทรงหวังว่าพระมหากษัตริย์จะทรงพระราชทานพระราชทรัพย์ของพระนางให้กับเลดีมาร์กาเร็ต ดักลาส ธิดาของพระนาง พระเจ้าเจมส์เสด็จมาถึงหลังจากที่พระนางสิ้นพระชนม์แล้ว และพระองค์ทรงมีพระบัญชาให้โอลิเวอร์ ซินแคลร์และจอห์น เทนเนนท์ จัดเก็บทรัพย์สินของพระนาง[18] พระศพของพระนางถูกฝังที่โบสถ์เซนต์จอห์นคณะคาร์ทูเซียนในเพิร์ท (โบสถ์ถูกทำลายในระหว่างการปฏิรูปศาสนาสกอตแลนด์ ค.ศ. 1559)

ต่อมาราชวงศ์ทิวดอร์สิ้นสุดลงโดยสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 1 แห่งอังกฤษ ไม่ทรงมีรัชทายาท และสายสืบราชสันตติวงศ์อังกฤษได้ถูกผ่านมายังสายสันตติวงศ์ของพระนางมาร์กาเร็ต พระปนัดดาของพระนางคือ พระเจ้าเจมส์ที่ 6 แห่งสกอตแลนด์ได้กลายเป็น พระเจ้าเจมส์ที่ 1 แห่งอังกฤษ ดังนั้นถือเป็นการรวมราชบัลลังก์ของทั้งสองราชอาณาจักรและเป็นชัยชนะของพระนางมาร์กาเร็ตหลังจากที่สิ้นพระชนม์ไปแล้ว